首页/新闻资讯/正文详情

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析10-差异基因集在RummaGEO/Rummagene进行【公共基因集相似性】分析

发布时间:2026/11/5 7:48:50 来源:云帆数科 栏目:资讯中心
【零代码生信分析】RNA-seq中级分析10-差异基因集在RummaGEO/Rummagene进行【公共基因集相似性】分析
前言当我们做了RNA-seq差异基因分析以及一系列的富集分析后希望我们得到的差异基因集富集的通路或者转录因子可以在其他公共数据集或者文献中得到验证。或者获得更广泛的研究思路那么就可以进行公共数据集相似性分析。这种分析策略主要服务于研究目的。无论是关注是更聚焦在一个疾病中一个细胞类型中还是在一个基因相关性中。都可以从富集结果中进行进一步筛选。这样我们就可以从汇总的公共数据库挖掘与验证候选的转录因子或者通路或者研究疾病。网站介绍[RummaGEO]这是一个网络服务器应用程序可以对存储在GEO中的所有人类和小鼠RNA-seq研究进行基因表达特征搜索。为了实现这样的搜索引擎研究者对来自ARCHS4数据库的统一比对GEO研究进行了离线自动条件识别然后计算差异表达特征并从这些特征中提取基因集。总计RummaGEO目前包含来自30576个GEO数据集人类178,975个和小鼠203,427个基因集。总体而言RummaGEO为生物医学研究界提供了一个前所未有的资源为许多未来的研究提供了假设生成的可能性。[Rummagene]是一个基于PubMed CentralPMC文献的基因集挖掘与分析平台通过自动化软bot从补充材料中提取人/鼠基因集解决传统研究中基因数据难以检索和复用的问题。截至最新统计平台已扫描710万篇PMC文献识别出172,090篇含基因集的论文累计收录916,688个基因集。核心功能包括智能检索系统支持自由文本查询和表格标题检索提供用户自定义基因集的相似度匹配、多维分析工具转录因子/激酶富集分析、单细胞RNA-seq细胞类型预测、基因功能注释推断以及跨文献关联发现结合基因集相似度与文本相似度揭示生物学过程间的潜在联系。数据更新频率为每周自动同步PMC新文献访问方式为Web服务器数据格式支持标准化基因列表兼容GSEA格式导入。简单操作介绍1.RunmaGEO步骤1输入基因集步骤2查看匹配的基因集结果。如下图所示在178,975个基因集中共有83,468个基因集有显著性富集。结果可以通过下载按钮进行下载也可以点击表格中具有下划线的文字进行GEO数据集的查看。步骤3对富集的前5000个GSE数据集基因进行概括就是这些基因集在多层次的富集分析结果。1是疾病与表型富集结果。2是分子类型。3是组织细胞.4是通路与生物学过程。步骤4对富集的前5000个GSE数据集基因进行Enrichr terms富集分析。步骤5筛选与特定疾病相关的GEO数据集。由于我们进行差异基因集研究时候这个数据集通常来自特定类型如细胞类型、疾病类型、组织类型等等。这样更好的找到符合我们要求的数据集进行下游调控转录研究。因此我们这里在输入框填写了SLE。系统性红斑狼疮。基因集从八万多个减少到1851个基因集。这个时候我们对表格结果进行下载。然后在电子表格中进行进一步筛选。如选择细胞类型或者基因名称等筛选。步骤6对SLE相关的富集的前5000个GSE数据集基因进行普通富集分析。依然是四个模块比较下与之前不加SLE筛选条件下的结果对比。如下图所示。疾病类型肯定是SLE。因为加了筛选条件。分子类型是干扰素相关的与之前的8万富集基因集结果相同。细胞类型富集与之前的类似。但通路与生物学过程富集与之前不同。首要富集在免疫应答上而不是凋亡中。步骤7. Enrichr 富集分析结果富集结果更聚焦在与SLE 免疫细胞相关的条目中。2.Rummagene步骤1.输入基因集。步骤2查看结果如下图所示提交的基因集在在20641个PMC文献表格中的基因集中有交叉富集。有些文献有多个表格中出现这些基因。步骤3对富集的文献表格进行过滤筛选通过关键字对表格内容进行筛选如下图所示lupus筛选后只有335个表格信息。我们如果要进一步研究这些与提交基因集相关的文献与表格可以点击Paper 的PMCID号进行查阅。

相关推荐

Java 泛型:类型参数、通配符与类型擦除
Java 泛型:类型参数、通配符与类型擦除

/* MD / 富文本中的 .toc(含博客园搬家等嵌套结构);.toc-box 在侧栏,不受影响 */#content_views .toc,/* 编辑器常在目录前后插入空 p(:empty 仍占 20px),一并去掉避免顶空隙 */#content_views.markdown_views > p:empty:has(+ .toc),#content_views.markdown_views … · 2026/11/5 7:48:50

STM32 FOC调试记录
STM32 FOC调试记录

/* MD / 富文本中的 .toc(含博客园搬家等嵌套结构);.toc-box 在侧栏,不受影响 */#content_views .toc,/* 编辑器常在目录前后插入空 p(:empty 仍占 20px),一并去掉避免顶空隙 */#content_views.markdown_views > p:empty:has(+ .toc),#content_views.markdown_views … · 2026/11/5 7:48:50

REA 逆向工具安装指南:10 分钟装好 CLI,把分析能力接进 AI 智能体
REA 逆向工具安装指南:10 分钟装好 CLI,把分析能力接进 AI 智能体

REA 逆向工具安装指南:10 分钟装好 CLI,把分析能力接进 AI 智能体 【免费下载链接】rea Reverse engineer anything with agents, from app behavior down to native binaries. 项目地址: https://gitcode.com/GitHub_Trending/rea2/rea 拿到一个… · 2026/11/5 7:48:50

大模型驱动 SIEM 告警降噪实战:语义聚类、LLM 研判与防注入流水线
大模型驱动 SIEM 告警降噪实战:语义聚类、LLM 研判与防注入流水线

大模型驱动 SIEM 告警降噪实战:语义聚类、LLM 研判与防注入流水线 法律红线声明:本文所有技术内容仅用于企业授权范围内的安全运营建设、自有实验环境或防御性研究。文中示例日志均来自本地构造的脱敏数据,不含任何真实企业数据;不… · 2026/11/5 8:05:57

从零构建图像检索系统:特征提取、FAISS索引与检索排序实战
从零构建图像检索系统:特征提取、FAISS索引与检索排序实战

简介:图像检索系统是一份面向计算机视觉初学者与进阶学习者的完整实践源码包,围绕以图搜图这一核心问题,覆盖图像预处理、特征提取、相似度计算、索引构建、检索策略与性能评估等关键环节,可应用于搜索引擎、数字图书馆、医学影像… · 2026/11/5 8:05:57

IPTV后台管理系统部署与优化:EPG、m3u导入、接口签名缓存与源巡检
IPTV后台管理系统部署与优化:EPG、m3u导入、接口签名缓存与源巡检

简介:面向IPTV后台开发与二次开发学习者的双子星IPTV后台管理系统PHP源码包,适合研究后台系统代码组织、数据库测试数据以及PHP运行环境搭配的初中级开发者参考。压缩包约31.82MB,主体包含PHP源码、数据库测试文件,并附带VC9-32位… · 2026/11/5 8:05:57

OpenCV计算机视觉课程实验拆解:6次实验参数与避坑
OpenCV计算机视觉课程实验拆解:6次实验参数与避坑

简介:面向高校计算机视觉课程学习、实验复现与考前梳理的配套资料包,汇集浙江大学2020—2021秋冬课程六次实验、复习资料和OpenCV学习内容,适合修读相关课程、准备实验报告或希望补齐传统视觉与深度学习基础的学习者。包内共1319个文件&#… · 2026/11/5 8:05:57

Jshop小程序商城:PHP开源DIY可视化编辑器实战指南
Jshop小程序商城:PHP开源DIY可视化编辑器实战指南

简介:Jshop小程序商城源代码是一套面向中小企业及开发者的一站式移动电商解决方案,支持微信小程序、支付宝小程序、APP、公众号与H5多端统一管理,适用于快速搭建自有品牌线上商城或二次开发定制化电商系统。资源包为RAR格式,大小1… · 2026/11/5 8:05:57

Fashion_MNIST对抗攻防实战:FGSM/PGD/TRADES闭环实现
Fashion_MNIST对抗攻防实战:FGSM/PGD/TRADES闭环实现

简介:本资源是一份面向深度学习初学者与安全研究者的实战项目包,聚焦图像分类模型在Fashion_MNIST数据集上的对抗攻击生成与对抗训练全流程实现,解决模型鲁棒性评估与防御能力提升这一核心问题,适用于AI安全入门、课程实验及科研复… · 2026/11/5 8:04:56

双极步进电机控制实战:DRV8818PWPR与PIC18F86K22驱动调试
双极步进电机控制实战:DRV8818PWPR与PIC18F86K22驱动调试

/* MD / 富文本中的 .toc(含博客园搬家等嵌套结构);.toc-box 在侧栏,不受影响 */#content_views .toc,/* 编辑器常在目录前后插入空 p(:empty 仍占 20px),一并去掉避免顶空隙 */#content_views.markdown_views > p:empty:has(+ .toc),#content_views.markdown_views … · 2026/11/4 3:16:49

STM32F207ZG + DRV8818PWPR 步进电机驱动实战解析
STM32F207ZG + DRV8818PWPR 步进电机驱动实战解析

/* MD / 富文本中的 .toc(含博客园搬家等嵌套结构);.toc-box 在侧栏,不受影响 */#content_views .toc,/* 编辑器常在目录前后插入空 p(:empty 仍占 20px),一并去掉避免顶空隙 */#content_views.markdown_views > p:empty:has(+ .toc),#content_views.markdown_views … · 2026/11/4 6:59:29

DRV8818PWPR+dsPIC30F4013工业级双极步进电机控制方案
DRV8818PWPR+dsPIC30F4013工业级双极步进电机控制方案

/* MD / 富文本中的 .toc(含博客园搬家等嵌套结构);.toc-box 在侧栏,不受影响 */#content_views .toc,/* 编辑器常在目录前后插入空 p(:empty 仍占 20px),一并去掉避免顶空隙 */#content_views.markdown_views > p:empty:has(+ .toc),#content_views.markdown_views … · 2026/11/4 7:02:38

多智能体协作系统架构设计与实践优化
多智能体协作系统架构设计与实践优化

1. 多智能体协作系统的时代背景2017年Transformer架构的诞生彻底改变了人工智能的发展轨迹。当行业还沉浸在单一大模型带来的性能突破时,Anthropic的研究团队已经将目光投向了更前沿的领域——如何让多个智能体通过协作产生超越单体能力的系统智能。这就像交响乐团中… · 2026/11/5 0:00:39

大模型系统性入门实战指南:从原理到部署微调的全链路路线
大模型系统性入门实战指南:从原理到部署微调的全链路路线

提到大模型的系统性入门,我先说个结论:这事真不难,难的是资料太散、路线太多,今天这个框架明天那个工具,新人很容易在“收藏夹吃灰”和“教程看到一半放弃”之间反复横跳。市面上关于大模型的内容少说有几十万篇&#… · 2026/11/5 0:00:39

鸿蒙文件系统沙箱机制解析与开发实践
鸿蒙文件系统沙箱机制解析与开发实践

1. 鸿蒙文件系统沙箱机制深度解析作为一名从Android转向鸿蒙开发的工程师,我深刻体会到文件系统访问是迁移过程中最先遇到的"拦路虎"。在Android上运行良好的文件读写代码,在鸿蒙真机环境却频频出现文件写入后神秘消失或直接抛出权限拒绝错误的… · 2026/11/5 0:00:39

双极步进电机控制实战:DRV8818PWPR与PIC18F86K22驱动调试
双极步进电机控制实战:DRV8818PWPR与PIC18F86K22驱动调试

/* MD / 富文本中的 .toc(含博客园搬家等嵌套结构);.toc-box 在侧栏,不受影响 */#content_views .toc,/* 编辑器常在目录前后插入空 p(:empty 仍占 20px),一并去掉避免顶空隙 */#content_views.markdown_views > p:empty:has(+ .toc),#content_views.markdown_views … · 2026/11/4 3:16:49

STM32F207ZG + DRV8818PWPR 步进电机驱动实战解析
STM32F207ZG + DRV8818PWPR 步进电机驱动实战解析

/* MD / 富文本中的 .toc(含博客园搬家等嵌套结构);.toc-box 在侧栏,不受影响 */#content_views .toc,/* 编辑器常在目录前后插入空 p(:empty 仍占 20px),一并去掉避免顶空隙 */#content_views.markdown_views > p:empty:has(+ .toc),#content_views.markdown_views … · 2026/11/4 6:59:29

DRV8818PWPR+dsPIC30F4013工业级双极步进电机控制方案
DRV8818PWPR+dsPIC30F4013工业级双极步进电机控制方案

/* MD / 富文本中的 .toc(含博客园搬家等嵌套结构);.toc-box 在侧栏,不受影响 */#content_views .toc,/* 编辑器常在目录前后插入空 p(:empty 仍占 20px),一并去掉避免顶空隙 */#content_views.markdown_views > p:empty:has(+ .toc),#content_views.markdown_views … · 2026/11/4 7:02:38

了解更多?预约专属演示

我们的顾问将为您一对一讲解产品与方案

企业微信二维码